MAC0499 Trabalho de Formatura Supervisionado

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Pipeline para mascaramento das sequências [pl]

Código em Perl que monta e roda o pipeline (usando o EGene) para mascaramento das sequências.

Pipeline para montagem das sequências [pl]

Código em Perl que faz a montagem das regiões gênicas (usando o alinhador BLAT e os montadores GenSeed e phrap|mira|newbler).

Pipeline para validação das montagens [pl]

Código em Perl que compara um conjunto de contigs com a sequência (supostamente correta) que os originou.

Resultados obtidos com o pipeline para validação das montagens [tgz]

Arquivos em formato .tsv.

Script para rodar as montagens [pl]

Código em Perl que roda o pipeline de montagem em todos os arquivos de sequências do diretório atual.

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