$diretorio_atual = `pwd`;
chomp($diretorio_atual);


@arquivos = `ls |grep masked\$`;
foreach $arquivo (@arquivos) {
    chomp($arquivo);
    $diretorio_saida_pipeline = "montagem_".$arquivo."_blat_sorgo_newbler";
    $arquivo_saida = "saida_montagem_".$arquivo."_blat_sorgo_newbler";
    system("time perl /home/pedro/scripts/montagem/pipeline_montagem.pl -g $arquivo -p ../Sbicolor_79_peptide.fa -op $diretorio_saida_pipeline -nn 4 -m newbler >$arquivo_saida") or print STDERR "Erro na execucao do pipeline de montagem: $!\n";
}




