SAGE Suite: Análise e desenvolvimento

Aluno: Samuel Gales Guimarães

Supervisor: Alan Mitchell Durham

Poster - Apresentação - Monografia - Parte Subjetiva

Resumo

SAGE Analysis é um software de processamento de dados gerados pela tecnica de SAGE para a analise de expressão gênica. O programa foi desenvolvido pelo grupo de bioinformatica liderado pelos professores Arthur Gruber e Alan Durham.

O projeto inclui também um gerador de dados artificiais para manipulação e validação de analises, bem como analisadores estocasticos para gerar tabelas prontas para fácil análise dos dados.


Objetivo

Expandir o projeto criando funcionalidades extras necessárias e criar um conjunto gerador de dados in silico para teste e validação do mesmo. Além disso serão criadas interfaces expandindo a abrangência e eficiência do sistema. Três interfaces serão criadas. Uma interface gráfica user-friendly para uso pessoal. Esta interface sera integrada ao sistema permitindo o acompanhamento de cada estágio da analise. Para acesso remoto e mais simplificado será criada uma interface Web. Além do mais o software será integrado ao sistema de pipelines customizaveis eGene para utilização em projetos maiores.

Para a comparação de resultados e aprimoramento do sistema planeja-se fazer testes comparativos entre o software criado pelo grupo com os já existentes no mercado utilizando-se de dados artificiais gerados pela suíte. Assim sendo existirá uma solida base para apoio e uso do sistema.


Cronograma

Julho
Inicio do desenvolvimento da interface gráfica local
Inicio do desenvolvimento do conceito e analise de recursos da interface web.
Desenvolvimento das funcionalidades adicionais requeridas ao sistema.
Agosto
Finalização do desenvolvimento das funcionalidades extras.
Fechamento da interface gráfica local.
Inicio do desenvolvimento da interface web.
Setembro
Finalização da interface Web e local.
Adequação do sistema para o eGene.
Prospecção dos softwares de análise já existentes e familiarização com seus sistemas.
Inicio do esboço da monografia.
Outubro
Análise dos dados obtidos com os outros programas em comparação com os resultados do grupo.
Primeira versão do software e suas interfaces.
Desenvolvimento da apresentação e dos cartazes.
Esboço da monografia completo e correção de erros
Novembro
Segunda versão do software
Primeira versão da monografia finalizada.
Dezembro
Finalização do projeto e ultimas correções na monografia.


Atividades realizadas

A suite de analise dos dados já foi criada pelo grupo.

Um conjunto de geradores de dados artificiais para o teste do sistema já esta pronto.

O uso do mesmo para a validação dos dados do analisador já foi feita.


Estrutura da monografia

- Introdução, explanação sobre a técnica do lado biológico e os problemas do lado computacional e estocástico.
- Conceitos e resoluções adotadas, formas de resolver o problema e conceitos teóricos utilizados.
- Atividades realizadas, as atividades realizadas ao longo do desenvolvimento do projeto e a metodologia utilizada para a realização do mesmo
- Resultados e dados obtidos, apresentação dos dados gerados pelo analisador e o estudo sobre a significancia dos mesmo.
- Conclusões.
- Bibliografia.