Parte da persistência dos dados no projeto (em especial dentro do núcleo) é feita através de uma implementação da especificação JDO (Java Data Objects) que consiste, como mencionado anteriormente, numa especificação de um conjunto de interfaces (API) cuja a finalidade é a de tornar mais simples a persistência e recuperação de modelos de objetos [4].
Uma das maiores vantagens da especificação JDO é a sua capacidade de persistir transparentemente modelos de objetos. Sem entrar muito no mérito da questão, apontamos apenas que o desenvolvimento do aplicativo torna-se muito mais simples quando há uma mudança de foco da camada de persistência para a lógica do próprio aplicativo. A maneira pela qual a persistência transparente permite essa mudança de foco deve ser clara.
Nós optamos pela implementação JPOX, que é livre e que fornece a maior parte das funcionalidades adicionais necessárias. Além disso, a JPOX pode ser utilizada em conjunto com MySQL ou o PostgreSQL, que são os bancos de dados relacionais livres mais difundidos no momento.
A especificação JDO define inúmeras facilidades que trazem ao nosso projeto características no mínimo interessantes. Dentre elas, podemos destacar:
Uma implicação direta disso é que o núcleo, por exemplo, apresenta comportamento transacional e possui um mecanismo de auto-persistência que garante as propriedades ACID (é, portanto, confiável).