Atualmente não se pode ignorar as redes de interações existentes nas funções biológicas dos seres vivos. Usando a analogia de redes booleanas, nós vemos que processos biológicos complexos podem ser explicados em termos de estados intermediários e estados finais gerados pelas interações dos elementos fundamentais de um sistema biológico (genes e proteínas).
Redes booleanas podem auxiliarnos a inferir a arquitetura geral de uma particular rede de regulação gênica, mas muitas topologias de rede podem ser sugeridas ao longo de uma pesquisa, tornando dinâmico este processo de inferênaica. Assim, é igualmente importante o desenvolvimento de ferramentas que ajudem nessa tarefa. Fato comprovado pelo crescente sucesso das pesquisas em Biologia Molecular com o auxílio de ferramentas computacionais.
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